Местоположение: г. Томск, пл. Ленина, 7

Богоявленский собор берет свое начало от небольшой Богоявленской церкви, построенной в 1633 году и стоявшей метров на 70 юго-восточнее нынешнего каменного собора. Храм неоднократно страдал от пожаров, но каждый раз его снова восстанавливали. В 1777 году недалеко от обветшавшего деревянного храма был заложен каменный, а 23 ноября 1784 года был освящен нижний этаж церкви. Строительство верхнего придела во имя пророка Илии растянулось на сорок лет и завершилось в 1817 году.

Храм имеет особое значение для истории Томской земли: именно в Богоявленском соборе на праздник преображения Господня 6 августа 1804 года было всенародно объявлено о торжественном открытии Томской губернии. С 1892 года при соборе существовало попечительство о бедных, с 1898 года – церковноприходская школа. При храме работала библиотека, насчитывавшая 400 томов книг. Поскольку храм был посвящен Богоявлению (Крещению Господню), то ежегодно на 6 января отсюда совершался общегородской крестный ход на реку Томь для обряда Великого водоосвящения.

В апреле 1920 года храм был национализирован и 2 августа передан приходской общине в бесплатное бессрочное пользование.

В годы Великой Отечественной войны все помещения церкви были переоборудованы под цеха эвакуированного в Томск московского завода «Красный богатырь». За время эксплуатации заводом «Красный богатырь» (1942-1946) и Томским заводом резиновой обуви (1947-1994) здание храма сильно пострадало.

В 1995 году полуразрушенный, обезображенный до неузнаваемости храм был возвращен Русской православной церкви. В 2000 году в церкви были возобновлены богослужения. В настоящее время собор полностью восстановлен. 26 января 2003 года состоялось его великое освящение. Собор является Кафедральным.

Главной святыней Богоявленского собора является частица мощей святого вeликомученика и целителя Пантелеимона.