Адрес: ул. Алтайская, 47.

Собор во имя Святых Первоверховных Апостолов Петра и Павла расположен на возвышенности к востоку от исторического центра города. С XVII века эта местность известна в Томске как «Мухин бугор» – по имени раскаявшегося разбойника Мухи, бывшего грозой окрестных лесов на рубеже XVII-XVIII веков. До постройки храма на этом месте долгое время стояли деревянный поклонный Крест и часовня. Жители Мухиного бугра обратились в Городскую Думу с просьбой «оказать содействие в постройке храма назначением пособия из городских сумм». Местные власти пошли навстречу комитету по постройке храма: 31 мая 1909 года состоялась торжественная закладка церкви. Чин основания храма совершил святитель Макарий (Невский). Строилась церковь на деньги, выделенные местной городской властью, и на пожертвования народа. Проект храма и надзор за ним осуществил губернский архитектор Андрей Иванович Лангер.

Храм спроектирован в русско-византийком стиле по традиционной для русской храмовой архитектуры схеме крестово-купольной церкви. Внутри его стоят четыре опорных столба, которые держат весь центральный объем с барабаном и сферическим куполом. Четыре угловые главки, выделенные в объемы, двухъярусная колокольня над входом дополняют композицию. Особенностью храма стала своеобразная деталировка и декор, выполненные без штукатурки из лицевого кирпича, с использованием архитектурных деталей, выточенных из песчаника (Информация предоставлена Департаментом по культуре и туризму Томской области).

18 декабря 1911 года новый храм был освящен викарным епископом Иннокентием. Главный престол храма освящен в честь святых Апостолов Петра и Павла, южный – в честь обретения главы св. Иоанна Предтечи (1913), а северный – в честь Рождества Пресвятой Богородицы (1915). Купола храма, увенчанные сверкающими позолотой крестами, имели небесно-лазурный цвет и были украшены вызолоченными восьмиконечными звездами.

При храме имелись церковно-приходское попечительство и церковно-приходская школа. В 1912 г. насчитывалось 1120 прихожан. В церкви служили Священник Николай Васильев и Псаломщик М.И. Петров. С 1916 г. Петропавловский храм осуществлял попечительство над детским приютом, открытым на ул. Никольской (ныне Алтайская).

В 1920-е годы храм был захвачен раскольниками-обновленцами, которые перенесли сюда кафедру лжеепископа Сергия (Дмитриевского). Распоряжением Новосибирского облисполкома 8 февраля 1940 года церковь была закрыта и вскоре стала зернохранилищем Поросинского спиртзавода. Все внутреннее убранство храма было утрачено. 19 октября 1944 года храм был возвращен Русской церкви. При осмотре храма на колокольне была найдена единственная уцелевшая икона Знамения Божьей Матери. Изображение было темным и почти стертым. В 1952 году томский иконописец С.Ф. Вепрев наново переписал икону, так как реставрации она уже не подлежала. Образ написан маслом на холсте, наклеенном на доску. Это одна из лучших работ мастера.

23 мая 1967 г. указом Святейшего Патриарха Московского и Всея Руси Алексия I храму было присвоено достоинство собора.

В 1967 г. храм заново расписывали московские художники, поновляли роспись в 1980 г. и, по всей видимости, в более позднее время (роспись 1967 г. сохранилась частично). В 1978-1979 гг. были сооружены новые золоченые резные иконостасы, в 1987 г. – золоченые киоты.

В 1985 году в соборе вспыхнул пожар. Огонь стал быстро распространяться по храму, уничтожая церковную утварь и другие храмовые принадлежности. Однако разбушевавшееся пламя, дойдя до иконы святителя Николая и частично опалив киот, внезапно было остановлено без всякого человеческого вмешательства. В память о чудесном спасении храма было решено не менять обгоревший киот и доныне обрамляющий святой образ.

За время своего существования собор дважды принимал под своими сводами Всероссийского Патриарха. Первый раз это было 13 мая 1991 г. Святейший Патриарх Алексий II совершил литургию. Вторая такая литургия состоялась 26 мая 2002 г.

С октября 1997 до января 2003 г. в Петропавловском соборе располагалась кафедра Томского епископа. Здесь же находилось епархиальное управление.

Главная святыня храма – икона с частицами мощей святых Первоверховных Апостолов Петра и Павла.