2000, 27 ноября. За большой личный вклад в развитие Томской области присвоено звание Почётного гражданина Томской области Лигачеву Егору Кузьмичу (род. 1920 г.).

2001, 2 июля. За большой личный вклад в развитие Томской области присвоено звание Почётного гражданина Томской области Высоцкому Анатолию Емельяновичу (1924-2013).

2001, 27 июля. За значительный вклад в создание и развитие научно-образовательного комплекса Томской области присвоено звание Почётного гражданина Томской области Месяцу Геннадию Андреевичу (род. 1936 г.).

2002, 18 сентября. За выдающийся вклад в создание сырьевой базы нефтяной и газовой промышленности Томской области, плодотворную научную деятельность и в связи с 70-летием со дня рождения присвоено звание Почётного гражданина Томской области Иванову Ивану Арсентьевичу (1932-2009).

2004, 6 августа. За выдающиеся заслуги перед Томской областью и в связи с 400-летием города Томска присвоено звание Почётного гражданина Томской области Герою Советского Союза Ворошилову Геннадию Николаевичу (1923-2014).

2004, 6 августа. За выдающиеся заслуги перед Томской областью и в связи с 400-летием города Томска присвоено звание Почётного гражданина Томской области президенту ОАО «Востокгазпром» Жвачкину Сергею Анатольевичу (род. 1957 г.).

2004, 6 августа. За выдающиеся заслуги перед Томской областью и в связи с 400-летием города Томска присвоено звание Почётного гражданина Томской области инженеру-консультанту по организации производства ФГУП «Сибирский химический комбинат», бывшему директору СХК Зайцеву Степану Ивановичу (род. 1918 г.).

2004, 6 августа. За выдающиеся заслуги перед Томской областью и в связи с 400-летием города Томска присвоено звание Почётного гражданина Томской области бывшему ректору ТИАСУРа Перегудову Феликсу Ивановичу (посмертно) (1931-1990).

2004, 6 августа. За выдающиеся заслуги перед Томской областью и в связи с 400-летием города Томска присвоено звание Почётного гражданина Томской области ректору Томского политехнического университета Похолкову Юрию Петровичу (род. 1939 г.).

2004, 6 августа. За выдающиеся заслуги перед Томской областью и в связи с 400-летием города Томска присвоено звание Почётного гражданина Томской области первому вице-президенту ЗАО «ЮКОС ЭП» Филимонову Леониду Ивановичу (род. 1935 г.).

2004, 2 сентября. За большой личный вклад в социально-экономическое развитие Томской области, подготовку и проведение празднования 400-летия города Томска звание Почётного гражданина Томской области присвоено министру финансов Российской Федерации Кудрину Алексею Леонидовичу (род. 1960 г.).

2005, 24 февраля. За выдающиеся заслуги перед Томской областью, выдающиеся достижения в спорте и большой вклад в пропаганду и развитие лыжного спорта в Томской области присвоено звание Почётного гражданина Томской области Герою Российской Федерации, заслуженному мастеру спорта Российской Федерации по лыжным гонкам, шестикратной Олимпийской чемпионке Егоровой Любови Ивановне (род. 1966 г.).

2005, 8 августа. За выдающиеся заслуги перед Томской областью присвоено звание Почётного гражданина Томской области доктору медицинских наук, академику РАМН, генеральному директору Федерального научного центра гигиены им. Ф.Ф.Эрисмана Министерства здравоохранения Российской Федерации Потапову Анатолию Ивановичу (1935-2013).

2005, 10 октября. За большой вклад в развитие культуры и театрального искусства, высокий профессионализм и творческие достижения, многолетнее служение зрителю, активное участие в общественной жизни города Томска и Томской области присвоено звание Почётного гражданина Томской области актрисе Томского областного драматического театра Коняевой (Долматовой) Людмиле Ивановне (1924-2006).

2006, 1 марта. За значительный вклад в развитие спорта в Российской Федерации и Томской области, высокие спортивные достижения и пропаганду здорового образа жизни присвоено звание Почётного гражданина Томской области Барановой Наталье Ивановне (род. 1975 г.).

2007, 26 декабря. За большой вклад в развитие спорта, активную деятельность по пропаганде здорового образа жизни присвоено звание Почётного гражданина Томской области олимпийскому чемпиону, заслуженному мастеру спорта по баскетболу, заслуженному тренеру СССР, Президенту Ассоциации студенческого баскетбола России Белову Сергею Александровичу (1944-2013).

2008, 7 июля. За большой личный вклад в решение задач социально-экономического развития Томской области, активное участие в становлении и законотворческой деятельности Государственной Думы Томской области, существенный вклад в развитие законодательства Томской области и парламентаризма в Российской Федерации присвоено звание Почётного гражданина Томской области Председателю Государственной Думы Томской области Мальцеву Борису Алексеевичу (род. 1938 г.).

2008, 30 октября. За большой вклад в решение задач социально-экономического развития Томской области, многолетнюю плодотворную работу присвоено звание Почётного гражданина Томской области Губернатору Томской области Крессу Виктору Мельхиоровичу (род. 1948 г.).

2008, 7 ноября. За большой вклад в развитие Томской области, многолетний добросовестный труд присвоено звание Почётного гражданина Томской области Герою Социалистического Труда Пронягину Петру Георгиевичу (род. 1924 г.).