Умер Почетный гражданин Томска П.И. Макушин. Согласно завещанию он был погребен в ограде построенного им Дома науки (пл. Соляная, 4). В своем «последнем слове» (завещании) он написал: «Проведший детство в убогой обстановке, годы юности в «казарменной» бурсе, начавший свою службу на полудиком Алтае, испытавший там лишения даже в одежде и обуви, я всю свою последующую жизнь не позволял себе ни роскошной обстановки, ни обычных для богатых людей развлечений… хотя и располагал на то достаточными средствами. Рискуя быть заподозренным в ненормальности моих мозгов, решаюсь заявить, что делал это не от скупости, чем объясняли мое поведение даже близкие мне родные, а из глубокого сознания, что эти средства не мои, а общественное достояние. Я считал себя только казначеем народных денег под чутким контролем моей совести… Свободные средства я охотно и с удовольствием тратил на дела просвещения и благотворения. Опасаясь распыления собранных средств, я обращал их в недвижимое имущество, предназначая и завещая таковое под просветительские учреждения».

На его могиле возле Дома науки имени П.И. Макушина установлена памятная стела с любимым макушинским девизом «Ни одного неграмотного» и рельс с бессонной лампочкой, горящей и днем, и ночью, символизирующей путь к знаниям. В Томске именем П.И. Макушина названы улица и переулок.